Nivalan kaupungin ylintä päätösvaltaa käyttää 35-jäseninen valtuusto. Valtuuston valitsevat asukkaat joka neljäs vuosi. Valtuusto päättää Nivalan asioista ja vastaa kaupungin taloudesta ja toiminnasta.
Valtuusto nimittää kaupunginhallituksen, joka vastaa kunnan hallinnon ja taloudenhoidon käytännön sujumisesta. Kaupunginhallitus johtaa kaupungin hallintoa ja valmistelee valtuustossa käsiteltävät asiat. Se myös valvoo kaupungin etua ja edustaa kaupunkia.
Lautakunnat, johtokunnat ja muut toimielimet
Nivalan kaupungin lautakunnat ja johtokunnat valvovat ja ohjaavat tehtäväalueensa toimintaa. Ne huolehtivat myös toiminnan, talouden ja organisaation suunnittelusta, kehittämisestä ja seurannasta. Nuorten ääntä käyttää nuorisovaltuusto.